Galeri A : Sejarah Awal
Galeri ini membawa pengunjung menerokai proses pembentukan muka bumi serta menghayati cara hidup masyarakat awal menerusi setiap artifak yang dipamerkan. Pengunjung juga berpeluang mengenali evolusi alat-alat batu yang digunakan pada zaman Paleolitik, Hoabianh serta Neolitik. Antara artifak yang menarik perhatian ialah replika Manusia Perak iaitu rangka manusia tertua yang hampir lengkap di Asia Tenggara ditemui di negara ini berusia kira-kira 10,000-11,000 tahun dahulu.
Galeri B : Kerajaan-Kerajaan Melayu
Galeri ini menelusuri sejarah perkembangan tamadun Melayu menerusi pembentukan kerajaan-kerajaan Melayu di seluruh Nusantara khasnya kerajaan-kerajaan yang wujud di Semenanjung Tanah Melayu dan Kepulauan Borneo. Fokus galeri ini adalah kepada Kerajaan Melayu Melaka yang merupakan era kegemilangan sejarah ketamadunan Melayu-Islam di rantau ini. Artifak Patung Avalokiteshvara yang diiktiraf sebagai Artifak Warisan Kebangsaan pada tahun 2009 merupakan antara koleksi penting yang dipamerkan di dalam galeri ini.
Galeri C : Era Kolonial
Galeri ini membawa pengunjung untuk mempelajari sejarah era penjajahan kolonial yang berlaku di Tanah Melayu, Sabah dan Sarawak. Antara kuasa-kuasa asing yang pernah menjajah negara ini adalah Portugis, Belanda, British dan Jepun. Galeri ini juga memaparkan faktor dan kesan daripada penjajahan ini yang telah menyaksikan perubahan terhadap aspek politik, ekonomi dan sosial masyarakat di negara. Replika Bunga Emas iaitu ufti yang dihantar oleh raja-raja Melayu di utara Semenanjung Tanah Melayu kepada Raja Siam di Bangkok merupakan antara tarikan koleksi di galeri ini.
Galeri D : Malaysia Kini
Galeri ini menyingkap sejarah gerakan awal nasionalisme yang dipelopori oleh tokoh-tokoh kebangsaan daripada pelbagai kaum yang berlatar belakangkan kepelbagaian fahaman politik bermula daripada campur tangan Inggeris sehingga mencapai kemerdekaan pada 1957. Galeri ini juga memaparkan pencapaian negara selepas kemerdekaan sehingga pembentukan Malaysia pada 1963 dan juga masa kini. Antara dokumen penting yang turut dipamerkan ialah salinan asal watikah pengisytiharan oleh Seri Paduka Baginda Yang di-Pertuan Agong ke-14, Ketua Negara Malaysia.