Zaman Proto Sejarah di Malaysia bermula pada awal Masihi setelah zaman prasejarah berakhir. Gelaran ‘Suvarnabhumi’ merujuk kepada Semenanjung Emas menjelaskan keistimewaan bumi Malaysia yang menjadi tumpuan terutamanya emas dan pelbagai jenis hasil pada era tersebut. Bukti arkeologi seperti batu bersurat, tapak asas candi, arca dewa, patung dan patung-patung gangsa menunjukkan bukti pengaruh Hindu-Buddha yang bertapak di Malaysia. Ukiran batu terracotta Boddhisattva bersila dan replika Batu Bersurat Buddha Gupta merupakan antara koleksi istimewa warisan Hindu-Buddha yang dipamerkan.

Zaman Proto Sejarah di Malaysia turut membicarakan hubungan kerajaan-kerajaan lain di Asia Tenggara dengan kerajaan-kerajaan awal di Semenanjung Malaysia, Sarawak dan Sabah. Hubungan ini mewujudkan perdagangan maritim yang berkembang pesat di antara kerajaan-kerajaan tersebut. Antara koleksi menarik yang menonjolkan kebudayaan masyarakat Sejarah Proto ialah pengkebumian masyarakat Sejarah Proto Kuala Selinsing di Perak, serta barang dagangan seperti manik, tembikar, seramik dan hasil hutan seperti damar.